Подгонка затыльника

как подрезать резину и чем обработать, чтобы следов не осталось?

Плоскошлифовальная ленточная машинка, наждак на худой конец. Шлифмашинкой лучше.

Боюсь приклад покоцать.

Несколько вариантов. Обмотать границу дерева изолентой или малярным скотчем на необходимую ширину (зависит от ширины инструмента) и работать оченно аккуратно.
Второй вариант-разметить на затыльнике чертилкой со стороны приклада контуры и оченно аккуратно пилюкать с промежуточными промерами. Доводить можно на плоскости с закреплённой шлифшкуркой вручную. Вариантов множество-дёшево и сердито стекло на табуретке в ванной :-))

подогнал расточкой отверстий затыльника.

Это зря, не будет чёткой фиксации при подгонке. Можно немножко сдвинуть при промерах. Самое простое было подогнать одно отверстие (обычно ширины затыльника хватает), а второе отверстие забить смесью эпоксидки и деревянных опилок (1 к 2м).
Потом заново засверлиться.
Главное не торопиться.